La gestión de las bases de datos es el proceso más “manual” que tenemos (aunque está automatizado por un par de shells). Cada proyecto tiene su propia base de datos separada, para que sean mas portables.
Mientras se desarrolla el proyecto, tenemos la base de datos estable en el servidor local y cada desarrollador trabajamos con nuestra base de datos en local (Mysql), cuando se finaliza (o se modifica) la parte que afecta a la base de datos, se sube al servidor local como estable. Drupal facilita bastante la tarea con el sistema de módulos.

Intentaré hacer un post con el detalle de la configuración de base de datos.

La verdad que me negaba con eclispse, he llegado a tener casi todas las funcionalidades con Vim (si increible pero cierto) pero la relación multisites que planteas es muy similar a la que estamos adoptando nosotros y el hecho d que eclipse incorpore cvs de forma nativa simplifica mucho.

Por otro lado diseñando el entorno me ha surgido la duda, ¿como gestionáis las bbdd?

Partiendo de un desarrollo en grupo pero con el multisites en remoto/local las bbdd se tienen que tener en cuanta.

Por curiosidad, De todos modos un documento de lo mejor que hay por la red